В городе также имеются две железнодорожные станции: железнодорожный вокзал Ярославль-Главный – это основной железнодорожный узел, и старый железнодорожный вокзал Ярославль-Московский или Пассажирский.
Кроме того, через Ярославль проходят многие поезда дальнего следования, отправляющиеся с Ярославского вокзала Москвы, помимо этого, город связан со столицей рейсами электропоезда-экспресса.